离子色谱柱根据分离原理的不同，主要可以分为离子交换柱和离子排斥柱。离子交换的分离原理是利用离子在色谱柱固定相和流动相中的保留强度不同而完成分离的。
离子本身的性质会对保留时间有影响。离子的价态越高，半径越大，极化程度越大，其保留时间也就越长。常见的出峰顺序是：F-，Cl-，NO2-，Br-，NO3-，PO43-，SO42- 。
离子色谱柱常见的问题如下：
1.柱压升高，检查流路没有阻塞的前提下，更换色谱柱过滤网板，一般情况下更换保护柱进口端的网板。
2.分离度降低，可以是由于色谱柱的柱效降低或选择改变所引起的，可以通过适合的清洗对离子色谱柱进行清洗，或者改变离子色谱的流动相来改善分离。
3.死体积增大，由于分离柱入口树脂压力使树脂造成空隙或者树脂压碎而成，使离子色谱分离度下降、分叉等，这时可以填充相同类型的树脂和惰球树脂球以减少死体积。
而对于受污染的离子色谱柱，一般要进行清洗，清洗前一定要将色谱柱与抑制器断开，保护柱和分离柱分开清洗，或者将保护柱接在分离柱之后进行清洗。
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