氨基柱是同时可以用于正相和反相条件的一种色谱柱。但正相溶剂和反相溶剂是不互溶的，这一点不能忽略。对于新购柱子，首先请注意打开分析测试说明书，了解柱子的保存溶剂。如果保存溶剂与你将要使用的流动相极性不同不会互溶，请先用异丙醇过渡。过渡过程中注意因异丙醇粘度较大，会导致柱压很高，适当调低流速。如果流动相中还有缓冲盐类，先用不含缓冲盐的同比例流动相过渡，避免缓冲盐的析出。
柱效检测： 流动相：10％乙酸乙酯＋90％正己烷 流速1.0
标准溶液：乙苯（或甲苯）＋苯甲酸甲酯
检测波长254苍尘
这个方法特别适用于新购柱子（新购柱子往往保存在正相溶剂中）时即进行检测，如有问题，可及时与供应商沟通。
（1） 平时在正相条件下使用：
首先用50倍柱体积的异丙醇清洗，因异丙醇粘度较大需适当放低流速；之后，用50倍的甲醇清洗；之后，用异丙醇过渡回到平常使用的正相流动相，即可。
（2）平时在反相条件下使用：
缓冲盐应及时冲洗，不能直接用纯甲醇冲洗缓冲盐等，属常识就不作特别交待。
用50倍纯甲醇冲洗；之后，用异丙醇过渡后，用二氯甲烷冲洗色谱柱；之后，再用异丙醇过渡回来到甲醇条件下。
这些清洗方法，主要是针对当样品中有杂质逐步吸附累积到填料上时的处理方法，色谱柱表现行为为诸如柱压增高柱效降低等。
一般颁18或颁8反相色谱柱，不能用纯水冲洗，有机相比例至少5%，否则键合相碳链会发生卷曲，导致色谱柱性能不稳定。
如果是正相柱，是肯定不能用水冲的，极少量的水都可能对色谱柱造成不可逆的损害。
其他柱，
氨基柱由正相过渡到反相系统时，可以用碱性水溶液（辫贬不可过高，会水解）和纯水冲洗，
氨基柱一般不用纯水，但可以用乙腈等的水溶液冲柱，但是不能长时间冲。氨基柱跟氰基柱在水相中都有水解问题，用在反相系统时需特别注意辫贬值。
氨基柱活化是指新装色谱柱在使用前要进行老化处理，其目的是取出残留的溶剂、水分和低沸点杂质，同时也使固定液在载体表面形成均匀的膜。
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