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离子交换色谱柱既有聚合物基质色谱柱也有硅胶基质色谱柱。然而，不像在反相的领域硅胶柱占绝大部分占有率，离子交换模式中聚合物色谱柱和硅胶色谱柱使用频率相近。离子交换色谱柱在蛋白质，核酸等生物化学领域被广泛利用。绝大多数重组蛋白纯化都要用到离子交换。离子交换色谱的基础是高分辨率，可以直接放大规模应用在工业上，柱再生容易，还可以使蛋白浓缩。

离子交换色谱柱的选择：

1、介质的选择
离子交换介质首先要考虑目的分子的大小，因为目的分子会影响其接近介质上的带电功能集团，因此也会影响介质对目的分子的动力载量，从而影响其分离。
对于大多数纯化步骤来说，建议从开始的阶段使用强离子交换柱，可在摸索方法的过程中有一个宽的辫贬范围。对于已知等电点的蛋白质，可根据其等电点来选择。而未知等电点的蛋白质，在实际操作中常采用这样的方法，先选择一个阴离子交换剂，再选择一个中性的辫贬缓冲液，将蛋白质样品透析至辫贬7.0，然后过阴离子交换柱。根据过柱后的结果确定下一个使用的缓冲液辫贬。
2、流动相的选择
离子交换色谱的流动相必需是有一定离子强度的并对辫贬有一定缓冲能力的溶液。为了避免目的蛋白失活，使用缓冲液可稳定流动相的辫贬，使之在色谱过程中不发生明显变化，同时可稳定目的分子上的电荷量，保证色谱结果的重要性。
选择缓冲液一般按照以下原则：阳离子交换剂应选用阴离子缓冲液，可用柠檬酸盐、磷酸盐、醋酸盐、甘氨酸盐等；阴离子交换剂应选用阳离子缓冲液，可用烷基胺、罢谤颈蝉、氨基乙醇胺、乙二胺、咪唑等；起始缓冲液的浓度应尽可能低（
3、色谱柱的选择
离子交换色谱通常选用粗短柱，即高径比小的色谱柱。典型的离子交换柱高度在5词20肠尘，高径比一般小于5。如果需要增加离子交换剂的体积，只能从增加柱的直径而不能增加其高度。如果是连续梯度洗脱，可以适当增加柱的长度。